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正確的使用與維護透射電鏡要做到以下幾點
透射電鏡是貴重的精密設備，正確的使用與維護才能使其發揮出應有的性能。總之，要想拍出高質量的透射電鏡照片，制樣是基礎。同時，透射電鏡的狀態也很關鍵。最后，技術人員的操作水平也是至關重要的。
1、環境要求
電鏡室的濕度要求在40%～50%之間，溫度在20～22℃之間。電鏡需安裝在一樓，沒有地下室。房間高度要合適，有利于拆裝。房頂不要有ZY空調走風，會造成圖像模糊，看不清高分辨像。有較好的遮光條件，可以安裝合適的布簾。注意室內環境衛生，定期打掃，而且進入室內需要穿腳套，減少帶入灰塵。附近沒有電梯及大型變電設備，防止電磁干擾。
2、真空要求
透射電鏡一般可以使真空度達到小于2×10^-5Pa，而儀器管理員也盡量在每次達到2×10^-5Pa后，才開始實驗，以達到延長儀器的使用壽命和保持儀器的高分辨能力的目的。如果儀器多天真空度持續高于4×10^-5Pa后，則需對儀器進行烘烤。一般短時間的可以考慮ACD烘烤。步驟是：所有光闌退出，關閉燈絲和高壓，拔出樣品桿。蓋上熒光屏蓋，準備毛巾，蓋上控制面板，防止滴水。放入加熱棒，點擊桌面控制按鈕，自動烘烤2h。
如果真空度仍然不能滿足要求，則需要進行鏡筒烘烤。步驟是：關閉燈絲和高壓，退出所有光闌，拔出樣品桿，蓋上熒光屏蓋，打開透鏡開關。點擊桌面控制按鈕，設定冷卻4h，總時間48h～52h左右。同時注意，點擊烘烤后，過2h左右，手摸柱體，看是否變熱，變熱說明烘烤正常進行。
為了拍攝清晰的高分辨照片，必要時可以加液氮，但是要保持在有液氮的條件下進行實驗，可以實驗中間過程加液氮。使用完畢后，要對ACD進行烘烤，步驟如上述ACD烘烤。