水合能高和疏水性弱的離子，如Cl-或K，用HPIC分離。水合能低和疏水性強的離子，如高氯酸（ClO4-）或四丁基銨，用親水性強的離子交換分離柱或MPIC分離。有一定疏水性也有明顯水合能的pKa值在1與7之間的離子，如乙酸鹽或丙酸鹽，用HPICE分離。有些離子，既可用陰離子交換分離，也可用陽離子交換分離，如氨基酸，生物堿和過渡金屬等。

       
       萬通離子色譜柱填料的發展推動了離子色譜應用的快速發展，對多種離子分析方法的開發提供了多種可能性。特別應提出的是在pH0-14的水溶液和100%有機溶劑（反相液相色譜用有機溶劑）中穩定的親水性高容量柱填料的商品化，使得離子交換分離的應用范圍更加擴大。常見的在水溶液中以離子形態存在的離子，包括無機和有機離子，以弱酸的鹽（Na2CO3/NaHCO3，KOH、NaOH）或強酸（H2SO4、甲基磺酸、HNO3、HCl）為流動相，陰離子交換或陽離子交換分離，電導檢測，已是成熟的方法，有成熟的色譜條件可參照。對近中性的水可溶的有機“大”分子（相對常見的小分子而言），若待測化合物為弱酸，則由于弱酸在強堿性溶液中會以陰離子形態存在，因此選用較強的堿為流動相，陰離子交換分離；若待測化合物為弱堿，則由于在強酸性溶液中會以陽離子形態存在，選用較強的酸作流動相，陽離子交換分離；若待測離子的疏水性較強，由于與固定相之間的吸附作用而使保留時間較長或峰拖尾，則可在流動相中加入適量有機溶劑，減弱吸附，縮短保留時間、改善峰形和選擇性。對該類化合物的分離也可選用離子對色譜分離，但流動相中一般含有較復雜的離子對試劑。此外，對弱保留離子可選用高容量柱和弱淋洗液以增強保留，對強保留離子則反之。
 

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