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原理：將待測細胞經特異性熒光染料染色后放入樣品管中，在氣體的壓力下進入充滿鞘液的流動室。在鞘液的約束下細胞排成單列由流動室的噴嘴噴出，形成細胞柱。流式細胞儀通常以激光作為發光源。經過聚焦整形后的光束，垂直照射在樣品流上，被熒光染色的細胞在激光束的照射下，產生散射光和激發熒光。這兩種信號同時被前向光電二極管和90°方向的光電倍增管接收。光散射信號在前向小角度進行檢測，這種信號基本上反映了細胞體積的大小；熒光信號的接受方向與激光束垂直，經過一系列雙色性反射鏡和帶通濾光片的分離，形成多個不同波長的熒光信號。
流式細胞儀檢測哪些項目：
1、流式細胞儀可以檢測細胞結構，包括：細胞大小、細胞粒度、細胞表面面積、核漿比例、DNA含量與細胞周期、RNA含量、蛋白質含量。
2、流式細胞儀可以檢測細胞功能，包括：細胞表面/ 胞漿/核的特異性抗原、細胞活性、細胞內細胞因子、酶活性、激素結合位點和細胞受體。
3、流式可以檢測的樣本很多：
①細胞表面的蛋白，通過熒光抗體直接標記。
②細胞內部的蛋白，細胞固定，通透后再用熒光抗體識別。
③細胞內部的DNA含量，細胞固定，通透后加DNA染料。
④細胞內部鈣離子濃度，直接加鈣離子濃度熒光染料染色。
⑤細胞內部線粒體膜電位，比如JC-1，羅丹明染料。
⑥使用微球陣列，可以同時檢測溶液中數十種可溶性蛋白的濃度。
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