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利用傳統流式細胞檢測技術，研究人員可以分析成千上萬個細胞，獲得每個細胞的散射光信號和熒光信號，從而得到細胞群體的各種統計數據，但是傳統流式細胞檢測技術獲得的細胞信息相對有限。細胞對研究人員來說，只是散點圖上的一個點，而不是真實的細胞圖像，缺乏細胞形態學、細胞結構及亞細胞水平信號分布的相關信息。要想獲得細胞圖像，研究人員就必須使用顯微鏡進行觀察，但顯微鏡能夠觀察的細胞數量是非常有限的，很難提供細胞群體的量化與統計數據。
Amnis量化成像分析流式細胞儀巧妙地將流式細胞技術同熒光顯微鏡技術有機結合在一起，實現了上述兩項技術單獨均無法突破的應用瓶頸，為流式細胞技術開啟了一扇嶄新的大門。Amnis系統既具備流式細胞術的速度、靈敏度和分型能力，也具備顯微鏡的清晰圖像和有效洞察力功能。
應用：細胞信號轉導、細胞凋亡與自噬、內吞與共定位、胞內外共定位、DNA損傷與修復、表面和細胞內的共定位、細胞形變與趨化、細胞間相互作用、免疫突觸、細胞周期與核有絲分裂、干細胞生物學、海洋學、微生物學、微核計數、寄生蟲學等。
應用：
1.外泌體研究(可區分細胞內、外的熒光信號)；
2.通過圖像分析細胞凋亡和壞死；
3.細胞自噬量化分析(定量單細胞中熒光斑點數)；
4.納米材料吸收；
5.轉運效率評估；
6.細胞形變；
7.免疫突觸形成(細胞間相互作用)；
8.蛋白轉位(共定位)；
9.高分率圖像進一步分析。
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