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在選擇色譜柱之前，多了解自己的樣品和雜質，他們的類型結構、性、酸堿性、分子量大小等等。
1.樣品是性的且弱酸性的；就可以選擇C18在100%酸性水溶液條件下檢測，即要選擇承受100%純水且對性化合物保留好的色譜柱
2. 如果樣品性太，或酸性太；可以選擇CN，NH2，或硅膠柱，HILIC（親水色譜），也有使用C18+陰離子對試劑或陰離子交換色譜柱（缺點是離子對試劑平衡時間長，對流動相pH要求比較，否 則難重復實驗，另外離子對試劑難洗下來，基本上用了離子對的色譜柱就不能再用于其它實驗）
3.如果堿性化合物的性太，或堿性太；可以選擇寬pH的C18色譜柱在pH值檢測（點是方法開發簡單，缺點是目前實 現這一技術的色譜柱品牌比較少，價格也）或者選用HILIC色譜柱（硅膠柱在反相條件下使用，這也是經典的檢測堿性樣品的方法）選擇離子交換柱（缺點 是不能用來分析其它樣品，對流動相pH要求比較，否則難重復實驗）也有使用C18+陰離子對試劑或陰離子交換色譜柱
4. 若樣品是堿性的；可選擇純硅膠柱（純硅膠缺少金屬雜質，且硅膠端基封尾）或一些經過修飾的C18柱（如性嵌入技術或堿去活技術等），他們都會減少堿性化合物的拖尾，一般會選擇中性或偏堿的條件下做，因為這樣可增加堿性樣品的保留。
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