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    選方法是堿裂解法。如果有問題，或者是大質粒 (>15 kb)，則用溫和的方法 SDS 裂解法。詳細情況見“分子克隆”。試劑盒都使用堿裂解法，所以都有一個通病，抽提大質粒時效果不好。

    質粒抽提常用的方法是堿裂解法，它具有得率高，適用面廣，快速，純度高等特點。關于堿裂解法的原理，復旦大學生化與分子生物學實驗室的有一篇專論，大家可以去看一下。這是一篇美文，非常有趣。文中提到了一個與能查到的資料不同的觀點，也是非常有啟發的。

    當然，堿裂解法相對質粒抽提也有缺陷：容易導致不可逆的變性；不適合大。堿裂解法是很劇烈的方法，質粒在堿性條件下會變性，時間一長，這種變性就成為不可逆的了 (電泳時在超螺旋前面一點點，如果有一條帶，就是此變性的質粒。)。所以，要降低不可逆的變性，就要控制好堿裂解的時間。 (似乎可以做這么一個推理：在堿性條件下，質粒的兩條鏈從一點或者幾個點開始分開，隨著時間的延長，直到分開。理論上講，分開的兩條鏈要很快地配對復性，成功率不可能是 的，而沒有分開的兩條鏈卻可能 配對復性。) 堿裂解法不適合大，原因也是因為該方法太劇烈，使超螺旋比例較低。文獻推薦的抽提大質粒的方法是溫和得多的方法，缺點是得率要低一些。現在得問題是，大質粒的拷貝數本來就低，如果抽提方法得率再不高的話，抽提起來就很費力了。如果注意到在堿裂解法中，超螺旋比例隨著堿裂解時間的延長而降低，隨著粘稠度的增加而減低這個現象，可以使用堿裂解法來抽提大質粒的：增加試劑的使用量，使加入 NaOH/SDS 液后，溶液在 1 分鐘內就能變得很清澈；立即加入中和試劑。這個實驗我們沒有做過，但 QIAGEN 抽提大質粒用的就是堿裂解法。