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氣相色譜儀和液相色譜儀的主要不同之處
液相色譜儀是利用混合物在液-固或不互溶的兩種液體之間分配比的差異，對混合物進行先分離，而后分析鑒定的儀器。高效液相色譜法，只要求試樣能制成溶液，而不需要氣化，因此，不受試樣揮發性的限制。對于高沸點、熱穩定性差、相對分子量大（大于400以上）的有機物（些物質幾乎占有機物總數的75%-80%）原則上都可應用高效液相色譜法來進行分離、分析。
系統由儲液器、泵、進樣器、色譜柱、檢測器、記錄儀等幾部分組成。儲液器中的流動相被高壓泵打入系統，樣品溶液經進樣器進入流動相，被流動相載入色譜柱（固定相）內，由于樣品溶液中的各組分在兩相中具有不同的分配系數，在兩相中作相對運動時，經過反復多次的吸附-解吸的分配過程，各組分在移動速度上產生較大的差別，被分離成單個組分依次從柱內流出，通過檢測器時，樣品濃度被轉換成電信號傳送到記錄儀，數據以圖譜形式打印出來高效液相色譜儀主要有進樣系統、輸液系統、分離系統、檢測系統和數據處理系統。
氣相色譜儀是利用色譜分離技術和檢測技術，對多組分的復雜混合物進行定性和定量分析的儀器。通常可用于分析土壤中熱穩定且沸點不超過500°C的有機物，如揮發性有機物、有機氯、有機磷、多環芳烴、酞酸酯等。受技術條件的限制，沸點太高的物質或熱穩定性差的物質都難于應用氣相色譜法進行分析，一般對500℃以下不易揮發或受熱易分解的物質部分可采用衍生化法或裂解法。氣相色譜儀由載氣源、進樣部分、色譜柱、柱溫箱、檢測器和數據處理系統組成。進樣部分、色譜柱和檢測器的溫度均在控制狀態。