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快速組織和腔體生長的早期階段

涉及腔體融合事件的組織穩定階段

神經上皮成熟的最終階段

圖3.外源性細胞外基質對大腦類器官形態發生的影響。a) 類器官投影（第 7 天）顯示 16 個同時圖像采集，展示核膜（Lamin，RFP，橙色）、質膜標記（CAAX，RFP，橙色）、肌動蛋白（GFP，青色）、微管蛋白（RFP，橙色）和細胞核（組蛋白，GFP，青色）。最大投影（左）和橫截面（右）b) 來自同一類器官在不同時間點的靜態圖，顯示橫截面并突出腔體形態（虛線）c) 類器官的橫截面顯示分段腔體和類器官上皮分割圖。d) 第 4-9 天每天測量的類器官總體積e) 圖表顯示隨時間變化的所有腔體的總體積f) 圖表顯示隨時間變化的分段腔體總數的變化。g) 類器官的橫截面顯示腔體形成和融合的過程m) 細胞外微環境的示意圖及與之對應的明場圖像，顯示用 Matrigel（外部 ECM）培養的類器官、沒有任何外部嵌入（內部 ECM）和低熔點瓊脂嵌入（擴散屏障）。n) 示意圖顯示光片實驗設置，以獲取不同嵌入處理的 16 倍類器官的同步成像。o) 第 9 天的圖像靜幀，顯示沒有任何嵌入和帶有瓊脂擴散屏障的類器官的最大投影（左）和橫截面（右）。p) 用 Matrigel 培養的類器官、沒有基質和帶有擴散屏障的類器官中分段腔的 3D 渲染。q-r) 圖表顯示從第 4 天到第 9 天每天測量的所有成像類器官的總體積（q）、分段腔的總數變化（r）以及所有腔的總容量隨時間的變化（s）誤差條表示標準差。t) 圖像顯示了在使用基質膠或無基質生長的類器官（第 15 天）上進行免疫組化實驗的橫截面，并染色以顯示細胞核（DAPI）、COL4A1 和 CDH2。所有圖像的比例尺為 100 μm。

圖4. 使用接多路多位點細胞標簽的細胞和細胞核形態轉變。a)分析策略示意圖。b) 第 6 天的類器官最大強度投影，標記有核膜（Lamin，RFP，粉色）、質膜（CAAX，RFP，粉色）、肌動蛋白（GFP，綠色）、微管蛋白（RFP，粉色）和細胞核（組蛋白，GFP，綠色）c) 解通道圖像（Lamin，深棕色；CAAX，橙色；肌動蛋白，藍色；微管蛋白，品紅色；組蛋白，綠色） d) 基于形態特征提取的所有解多通道標簽的 PAGA 初始化 UMAP 嵌入。e) PAGA 初始化 UMAP 嵌入顯示肌動蛋白、微管蛋白和 CAAX 標簽的軸長變化，以及使用組蛋白和 Lamin 分割測量的細胞核體積變化。PAGA 圖顯示平均簇年齡（天數）的變化，節點大小表示一個簇內的細胞數量，邊寬反映兩個簇之間的連接強度。f) 在 matrigel 條件下，所有細胞（肌動蛋白）按其對齊指數（與最近的類器官表面法線的絕對余弦角）著色。比例范圍為 0-1，其中 1（紅色）對應于與類器官表面垂直對齊的細胞。g) PAGA 初始化的 UMAP 嵌入和 PAGA 圖顯示使用從基質膠、無基質和瓊脂糖條件下分割的細胞的細胞形態類型聚類。圖基于提取的所有分割細胞（肌動蛋白）的形態測量。h) PAGA 初始化的 UMAP 嵌入顯示細胞軸比隨時間變化，并疊加顯示使用 PAGA 圖的平均聚類年齡。PAGA 圖根據聚類的平均年齡從淺灰色到黑色進行顏色編碼。i) 每個形態類型聚類的示例細胞（肌動蛋白）。j) 顯示標記有肌動蛋白的細胞的類器官示例圖像，顯示按其形態類型聚類著色的細胞。k) 堆疊條形圖顯示在基質膠、無基質和瓊脂糖條件下各個肌動蛋白形態類型聚類中細胞的比例。l) 圖像顯示在第 6 天基質膠條件下的細胞（肌動蛋白）根據細胞對齊指數著色，以及在第 9 天無基質和瓊脂糖條件下的細胞。m) 小提琴圖顯示在第 4 天到第 12 天所有三種條件下所有分割細胞的細胞對齊（肌動蛋白）值。n) 線圖顯示在三種條件下香農指數的變化，基于隨時間變化的每個簇的細胞數量（基質膠 (n=3)、無基質 (n=3) 和瓊脂糖 (n=3)）。