TissueQuest是針對組織切片或細胞涂片染色切片進行分析的軟件。分析軟件簡單易用，但是是一個的分析技術，可分析的標記物的數量理論上是無限的。

該軟件的優勢之一是蛋白質共表達的分析

該項是測量Ki-67的定量表達和計算表皮細胞上陽性細胞百分比，利用TG分析軟件中手動畫圖工具實現。然而，在此項目中一個Ki-67共定位分析和盤狀球蛋白的應用取代了手動畫圖圈定區域。分析由設置DAPI通道的TG高效核分離運算開始。核膜，細胞質的或者膜測量可以在其他通道中被設定。
盤狀球蛋白通道的膜被設定根據細胞質的測量。該方法，根據標記物表皮的角化細胞層被重新建立。盤狀球蛋白中的高表達陽性細胞在表皮組織能夠被特異性的找到根據反向回溯影相。

FACS數據展示

TG分析軟件的優勢是FACS數據和樣本圖像中被分離的物體的管理方法的實施。通過自動生成的點狀圖，可以得到Ki-67表皮陽性細胞的測量數據。圖中，盤狀球蛋白對Ki-67的平均強度，利用自動計算兩個標記物陽性的陰陽線被設定。TG分析軟件都具有該功能。2級界限會展現Ki-67和盤狀球蛋白的陽性在點狀圖的右上象限。

Hella細胞三重染色

熒光分析計算非常迅速。在57.7秒中Hella細胞三重染色被分析。

主要特點

• 完整的新用戶界面能夠實行可縮放數字玻片

• 感興趣及非感興趣的區域的圈選、注釋，在數字化的玻片上圈選，可以達到更高更簡單的分析

• 多核計算機的應用增強了計算速度

• FISH和其它“細胞中的點”數據如mRNA,病理數據陳列等結果可輸出到excel表中

• 從Mirax和Pannoramica輸入掃描的圖像，然后利用分析

• 相同類型的樣本分析，應用分析模板可以再次調用并重新設置

• 應用計算參數測量比例和百分數測量參數在強度染色

• 三種可選數據輸出方式

• 能夠實現不同切片數據的疊加對比分析

• 應用圖像可以實現相同組織區域的不同標記物的對比分析

• 選取顏色和圖像輪廓厚度可調

• TMA的快速分析及復合結果輸出

TG FISH工作流程

針對所有FISH，CISH和點狀結構分析，TG擁有專門的工作流程。任意點的大小都可以通過面積、染色強度和標記物陽性分析。常規FISH分析通過Z軸疊加和焦距擴展實現。然后經由它或者StrataQuest軟件分析。

點狀分析的算法簡單且靈活，它根據染色物的數量和確定分析的通道。然后系統會自動運行

模塊

TG的軟件模塊可以被定制以滿足不同用戶的需要。新的版本為TissueQuest 4.0。
TG 共有6大模塊:

模塊1-組織學模塊

該入門級模塊支持輸入不同濾片得到的原始熒光灰度圖像，畫定感興趣區域得到樣品中染色面積。同樣可以作為標注工具。得到數據的直方圖，結果以Excel或PDF格式輸出。
可以單獨或者與其它模塊一起使用。

模塊2-細胞核計數

與組織學模塊相似的是，細胞核計數模塊可以得到被染色核的數量以及其它分析參數，像細胞核的面積和染色強度。

模塊3-細胞與細胞質

該模塊增加了更多細胞結構方面的分析：胞漿標記物的ring mask與cell mask可以通過升級的運算法則得到。數據同樣可以根據散點圖呈現。

模塊4-診斷

該模塊可以實現細胞核和胞質室的虛擬通道比較然后可以輸出報告?？梢赃M行圖表比較。度量尺與標量可以利用在樣品測量。

模塊5-Diagnostics Xtended

該模塊可以應用cut off值分離圖表中陽性和陰性群組。通過正反向回溯，散點圖和直方圖與圖像可以更好的分析。特殊掃描器得到的圖像一樣可以被應用并且可以通過示例查看器進行比較。手動修正工具可以應用在確定的細胞核與特殊的區域內。快速ROI工具可以更快范圍更大的得到感興趣區域與標釋。

模塊6-TMA

TG 融合的工作流程

• 數據顯示，管理與輸出

• 工作流程易于使用（數據自動顯示，輸出等 ）

• 樣品觀測器

• 可以對樣品進行拖拽或者倍數放大

• 批量處理

• TG模塊的批量處理

• RNA分析

批量數據處理
RNA分析
單個細胞的確定

選取細胞染色類型
單個細胞通過*的染色類型被確定。類型可選。對于細胞分離專門主通道被應用確定細胞核。

不同的膜選項和定量分析

細胞核與細胞質都可以進行染色強度的分析。用特殊的運算方法尋找并分析胞漿抗原。
數據的呈現

被確定的細胞會以散點圖的形式顯示，包括表面積/ＤＮＡ和染色強度。類似流式細胞儀，以個點代表一個細胞。
需更更詳細分析時，ｃｕｔｏｆｆ參數根據陰性背景被確定。根據圈選設定需要分析的參數。
任意數據圖上ｃｕｔｏｆｆ線都可以被應用在其它任意散點圖中。顏色和形狀都可以重新調節。

高效分析

計算的參數包括平均強度，相對／陽性細胞數目，表達細胞的比例。
數據輸出以表格的格式并顯示四個象限區間。之前的版本中類型不能被修改通過調節參數。


正反向回溯

提供新型數字化測量功能。
世界的數據與影響正反向回溯功能，利用正向回溯功能，研究者可查看影像中細胞在散點圖中的位置；利用反向追蹤功能，研究者可以用分子標記物找出感興趣的細胞群之后反推其在組織切片中的細胞分布，并觀察結構特征，完美結合分子標記資訊與組織結構，在幫助研究者快速定位分化干細胞等稀有細胞亞群的研究中有*的優勢。

數字化應用

組織樣本中免疫熒光標記的特殊的細胞或者細胞族群利用不同的參數進行單獨的分析，例如細胞表面表達或者細胞內分子。
能夠實現多種應用。
以下是一些分析方法：

特點

• 不僅可以分析TissueFAXS 掃描的圖像還可以對其它格式的圖像進行分析

• 依據核染色可以通過圖像確定組織中單個細胞

• 在強度測量中自動產生cell body

• 手動修改工具的設定

• 點陣圖與圖像的正反向回溯功能

• 能夠產生無上限數量的點陣圖與直方圖

• 可選的數據輸出報告